Nel V secolo d.C. fu cristianizzata dal Vescovo bresciano San Vigilio. Nel Medioevo fu contesa da varie signorie, il territorio fu assegnato dai longobardi al monastero di S. Salvatore; in seguito i cluniacensi vi insediarono un monastero e avviarono, intorno all'anno mille, la fabbricazione di reti, che prosperò lungo i secoli successivi. L'isola vide dapprima nascere borghi agricoli nelle posizioni più elevate ed, in epoca successiva, borghi di pescatori lungo la costa. Verso il secolo XIII, a difesa del territorio bresciano, gli Oldofredi vi costruirono un castello (ora Rocca Martinengo, di proprietà privata). Fu infine trasformata in feudo dalla Repubblica di Venezia.
Tradizione di una delle frazioni dell'Isola è la Festa di Santa Croce di Carzano in cui tutto il paese viene addobbato con fiori fatti a mano e rami di pino; la festa ebbe origine nel 1836 per celebrare la fine di un'epidemia di colera.
Fino al 1928 Montisola contava due comuni: Siviano e Peschiera Maraglio. A seguito della fusione avvenuta nel 1929 il comune è stato denominato Monte Isola, formato da diverse frazioni: Siviano (sede Comunale con le scuole Elementare e Medie e l'Ufficio Postale), Carzano, Novale, Porto di Siviano, Masse, Sinchignano, Olzano, Sensole, Peschiera Maraglio, Senzano, Menzino, Cure.
Monte Isola ha una secolare tradizione nella fabbricazione delle reti da pesca e nella costruzione delle barche in legno. Fino agli anni settanta del novecento si trattava infatti di uno dei principali produttori mondiali di reti da pesca, ma successivamente ha subito la schiacciante concorrenza dei fabbricanti industriali giapponesi; ancora oggi, tuttavia, è possibile vedere quanto resta di quella nobile tradizione artigianale, soprattutto nella frazione di Peschiera Maraglio.
